Le conseil d’administration compte 24 membres désignés pour quatre ans. Il s’est doté d’une commission de la stratégie et des programmes, d’une commission de politique de tarification des produits et services et d’une commission des marchés. Ces commissions sont des lieux d’échanges approfondis entre les administrateurs et la direction générale.

Nommé par décret en Conseil des ministres sur le rapport des ministres de tutelle, le directeur général assure le fonctionnement de l’établissement et anime le comité de direction. Sébastien Soriano occupe le poste de directeur général de l'IGN depuis le 4 janvier 2021.

Le conseil scientifique et technique (CST) assiste l’institut dans la mise en œuvre de sa mission de recherche et de développement, de manière analogue à un conseil scientifique d’établissement de recherche. Il est présidé par Christiane Weber, directrice de recherche au CNRS et géographe.

Le comité de la filière forêt et bois (CFFB) assiste l’institut dans la mise en œuvre des missions relatives aux forêts et aux écosystèmes forestiers. Il est présidé par Pascale Got, ex-députée socialiste de Gironde.

Présidé par Michael Matlosz, professeur des universités, et constitué de représentants du personnel, des enseignants, des élèves et de personnalités extérieures à l’IGN, le conseil de perfectionnement de l’ENSG donne son avis sur les orientations générales des enseignements de formation initiale et continue, sur la création ou la suppression de cycles et sur le règlement intérieur de l’école.